Na década de 1990, a Faculdade de Medicina da UFRJ implantou uma nova política de ensino, buscando atender às novas demandas para a formação da área da saúde, através de um programa interdepartamental de Atenção Primária à Saúde (PAPS). Este processo resultou na criação do Instituto de Saúde Coletiva da UFRJ e na transformação do Hospital Escola São Francisco de Assis em um Instituto universitário para o ensino da APS e envolveu, ainda as transformações ocorridas na Escola de Enfermagem Anna Nery, no Curso de Nutrição e na Faculdade de Odontologia, a melhor adequação dos currículos às demandas da rede básica de saúde.
A diversificação dos cenários de prática, ao não restringir o processo de ensino aprendizagem aos hospitais, promoveu competências para uma atuação profissional mais condizente com os princípios da equidade, integralidade e resolutividade nos diferentes cenários do Sistema Único de Sáude. A busca das melhores evidências que garantam uma atenção comprometida e humanizada nortearam as condutas dos profissionais envolvidos.
Na área de Saúde encontra-se em curso um esforço consistente para a substituição do modelo tradicional de organização do cuidado em saúde, historicamente centrado quase exclusivamente, na assistência curativa e no atendimento hospitalar especializado. Estabeleceram-se também mecanismos de cooperação entre os gestores do SUS e as escolas de medicina, enfermagem e odontologia, melhorando a qualidade e a resolutividade da atenção prestada ao cidadão a partir da integração da rede pública de serviços de saúde e o processo de referência e contra referência; a formação profissional na graduação e a educação permanente, entendendo que o profissional de saúde se encontra em processo contínuo de aprendizagem na sua prática profissional.
Como outros desdobramentos da adesão ao Pró-Saúde e ao PET-Saúde, incrementaram-se atividades de aperfeiçoamento em serviço, pesquisas, iniciação ao trabalho, assim como atualizações e vivências, de acordo com as necessidades do Sistema Único de Saúde. As atividades foram realizadas por grupos tutoriais coordenados por um professor universitário, formado por profissionais de saúde que já trabalharam na rede municipal e por estudantes de graduação de cursos das áreas da saúde.
Essas experiências de trabalho em equipe aglutinaram e motivaram o grupo de docentes a criar um curso de mestrado profissional em APS na UFRJ, resultado de uma construção coletiva de docentes e profissionais envolvidos. Optou-se por sua localização no HESFA – Instituto de Atenção à Saúde São Francisco de Assis e gestão pelo Departamento de Medicina de Família e Comunidade (DMFC), já que é uma instância coordenadora do Pró-Pet-Saúde no âmbito da UFRJ.